La universidad fue fundada en 1919. Se imparten estudios en una amplia gama de especialidades, tanto tradicionales como nuevas. La Universidad Masaryk está considerada una de las universidades de más rápido crecimiento de Europa y figura en la lista de las mejores universidades del mundo.
En la universidad estudian 40 844 estudiantes, de los cuales 7021 son extranjeros. En la universidad se pueden cursar dos o más especialidades al mismo tiempo.
La Facultad de Derecho de la Universidad es una de las cuatro facultades de derecho públicas de la República Checa. Su historia comienza poco después de la Primera Guerra Mundial. La facultad ha vivido una actividad científica y pedagógica próspera y fructífera. Su historia ha estado marcada por altibajos, y también ha habido períodos en los que la facultad permaneció cerrada durante décadas.
La Facultad de Ciencias Naturales de la Universidad Masaryk ofrece estudios en los campos de las ciencias matemáticas, la física, la química, la biología y las ciencias de la Tierra. La facultad está acreditada para impartir 153 titulaciones de grado, máster y doctorado orientadas a la formación, tanto de investigadores profesionales como de futuros profesores de enseñanza secundaria. Tradicionalmente, la alta calidad de la enseñanza va de la mano de una intensa actividad científica, que constituye además una de las áreas prioritarias de la facultad y garantiza que esta se mantenga constantemente al más alto nivel dentro de la universidad.
La Facultad de Filosofía es una de las cuatro facultades principales de la Universidad Masaryk. Las primeras clases se impartieron en Brno en el curso académico 1921/1922, con 128 estudiantes. Desde sus inicios, la facultad ha desarrollado principalmente disciplinas tradicionales de orientación humanística (especialmente historia, filosofía y filología clásica, además de filología eslava, germánica y románica), pero también las orientaciones que por entonces caracterizaban el entorno universitario, así como nuevas áreas de investigación (sociología, psicología, historia del arte, música y ciencias). En la actualidad, la facultad sigue desarrollando las disciplinas tradicionales, pero también se fomenta el desarrollo de nuevas disciplinas.
La Facultad de Pedagogía inició su actividad en el otoño de 1946, como la quinta facultad de la Universidad Masaryk.
La tarea principal de la facultad hoy, al igual que en el pasado, es formar a profesores para guarderías, escuelas de primaria y, en algunas áreas, para centros de secundaria. Además, la facultad lleva a cabo investigación en el ámbito de la educación especial y la pedagogía social.
La Facultad de Economía y Gestión se fundó en 1990 y comenzó a funcionar en septiembre de 1991. A lo largo de su trayectoria, se ha consolidado como una institución estable y, en la actualidad, imparte formación en economía a casi cuatro mil estudiantes de grado, posgrado y doctorado. La tarea principal de la Facultad de Economía y Gestión es el desarrollo de la formación y la investigación en las ciencias económicas. La facultad participa en proyectos de investigación junto con el Fondo Nacional de Educación, el Fondo de Becas para Todos, el Instituto de Economía y el Instituto de Teoría de la Información y Automatización de la Academia de Ciencias de la República Checa.
La Facultad de Informática se fundó en 1994 como la primera facultad de este tipo en la República Checa y, en muchos aspectos, se adelantó a la aparición de facultades similares en otras universidades. La facultad ofrece un sistema de estudios lo más abierto posible, lo que permite a los estudiantes elegir y centrarse en sus intereses individuales. En 2005, la universidad ocupó el primer puesto entre los países de Europa Central y del Este, junto con otras seis universidades. En general, el objetivo de la facultad es proporcionar una educación de alta calidad para la sociedad de la información del tercer milenio.
La Facultad de Ciencias Sociales se fundó en 1998 como facultad independiente de la Universidad Masaryk. La Facultad de Ciencias Sociales es la culminación de muchos años de existencia de determinadas disciplinas en la Facultad de Letras, donde la Facultad de Sociología ya se había creado en 1921; hoy en día es una de las instituciones más antiguas de este tipo en Europa.
La misión de la facultad es promover los valores de un estilo de vida saludable como parte indispensable del estilo de vida moderno. La facultad aplica y desarrolla los conocimientos sobre medicina deportiva necesarios en el ámbito de la educación física, transmite a los estudiantes los últimos avances en materia de nutrición y recuperación, tanto en el deporte como en la vida cotidiana, y forma a especialistas cualificados para actividades educativas en los ámbitos social y recreativo.