La universidad se fundó en 1919. La enseñanza es conducida en una amplia gama de especialidades tradicionales y nuevas. La Universidad Masaryk está considerada una de las de más rápido crecimiento de Europa y figura en la lista de las mejores universidades del mundo.
En la universidad estudian 40.844 alumnos, de los cuales 7021 son extranjeros. En la universidad se pueden estudiar dos o más especialidades al mismo tiempo.
La Facultad de Derecho de la Universidad es una de las cuatro facultades públicas de Derecho de la República Checa. Su historia comienza poco después de la Primera Guerra Mundial. La facultad pasó un tiempo como una feliz y fructífera actividad científica y pedagógica. Su historia está acompañada de altibajos, también hay periodos en los que la facultad estuvo cerrada durante décadas.
La Facultad de Ciencias Naturales de la Universidad Masaryk ofrece estudios en los campos de las ciencias matemáticas, la física, la química, la biología y las ciencias de la tierra. La facultad está acreditada para impartir 153 titulaciones de licenciatura, máster y doctorado centradas en la educación, como investigadores profesionales y la formación de futuros profesores de escuelas secundarias. Tradicionalmente, la alta calidad de la educación es objeto de una intensa actividad científica, que es también una de las áreas prioritarias de la facultad y garantiza que esté constantemente al más alto nivel en la universidad.
La Facultad de Filosofía es una de las cuatro facultades principales de la Universidad Masaryk. Las primeras clases se impartieron en Brno en el año académico 1921/1922 con 128 estudiantes. Desde su creación, la facultad ha desarrollado principalmente disciplinas tradicionales, de orientación humanitaria (sobre todo historia, filosofía y filología clásica, además, filología eslava, germánica y románica), pero también las direcciones que entonces representaba el entorno universitario, nuevas áreas de investigación (sociología, psicología, historia del arte, música, ciencia). En la actualidad, la facultad sigue cultivando las disciplinas tradicionales, pero también se apoya el desarrollo de nuevas disciplinas.
La Facultad de Pedagogía comenzó su labor en otoño de 1946, como quinta facultad de la Universidad Masaryk.
La principal tarea de la facultad hoy, como en el pasado, es formar profesores para jardines de infancia, escuelas primarias y, en algunas áreas, para escuelas secundarias. Además, la facultad ofrece investigación en el campo de la educación especial y la pedagogía social.
La Facultad de Economía y Gestión fue establecida en 1990 y comenzó a funcionar en septiembre de 1991. Durante su existencia, se ha convertido en una institución estable y en la actualidad imparte enseñanza económica a casi cuatro mil estudiantes de licenciatura, posgrado y doctorado. La principal tarea de la Facultad de Economía y Gestión es el desarrollo de la formación y la investigación en ciencias económicas. La facultad participa en proyectos de investigación junto con el Fondo Nacional de Educación, el Fondo de Subvenciones para Todos, con el Instituto de Economía y el Instituto de Teoría de la Información y Automatización de la Academia de Ciencias de la República Checa.
La Facultad de Informática se fundó en 1994 como la primera facultad de este tipo en la República Checa y en muchos aspectos anticipó la aparición de facultades similares en otras universidades. La facultad ofrece un sistema de estudios lo más abierto posible, que permite a los estudiantes elegir y centrarse en sus intereses individuales. La Universidad en 2005 y ocupa el primer lugar en los países de Europa Central y Oriental, otorgado a las siguientes seis universidades. En general, las ambiciones de la facultad proporcionan una educación de alta calidad para la sociedad de la información del tercer milenio.
La Facultad de Ciencias Sociales se creó en 1998 como facultad independiente de la Universidad Masaryk. La Facultad de Ciencias Sociales es la culminación de muchos años de existencia de determinadas disciplinas en la Facultad de Artes, donde ya en 1921 se creó la Facultad de Sociología, que hoy es una de las instituciones de este tipo más antiguas de Europa.
La misión de la facultad es promover los atributos de un estilo de vida saludable como parte necesaria del estilo de vida moderno. La facultad aplica y desarrolla los conocimientos sobre medicina deportiva necesarios en el ámbito de la educación deportiva, transfiere a los estudiantes los conocimientos más recientes en el campo de la nutrición y la regeneración en el deporte y en la vida cotidiana, y forma a especialistas cualificados para actividades educativas en los ámbitos social y recreativo.