A universidade foi fundada em 1919. O ensino é ministrado em uma ampla variedade de áreas de especialização, tanto tradicionais quanto novas. A Universidade Masaryk é considerada uma das universidades que mais crescem na Europa e está incluída na lista das melhores universidades do mundo.
40.844 estudantes cursam a universidade, dos quais 7.021 são estrangeiros. Na universidade, é possível cursar duas ou mais especializações ao mesmo tempo.
A Faculdade de Direito da Universidade é uma das quatro faculdades de direito públicas da República Tcheca. Sua história começa logo após a Primeira Guerra Mundial. A faculdade passou por um período de intensa e frutífera atividade científica e pedagógica. Sua história é marcada por altos e baixos, havendo também períodos em que a faculdade permaneceu fechada por décadas.
A Faculdade de Ciências Naturais da Universidade Masaryk oferece cursos nas áreas de ciências matemáticas, física, química, biologia e ciências da terra. A faculdade é credenciada para 153 cursos de bacharelado, mestrado e doutorado voltados para a formação de pesquisadores profissionais e de futuros professores do ensino médio. Tradicionalmente, a alta qualidade do ensino é objeto de intensa atividade científica, que também constitui uma das áreas prioritárias da faculdade e garante que ela se mantenha constantemente no mais alto nível da universidade.
A Faculdade de Filosofia é uma das quatro principais faculdades da Universidade Masaryk. As primeiras aulas foram ministradas em Brno no ano letivo de 1921/1922, com 128 alunos. Desde sua fundação, a faculdade desenvolveu principalmente disciplinas tradicionais de orientação humanística (especialmente história, filosofia e filologia clássica, além de filologia eslava, germânica e românica), mas também as áreas que na época representavam o ambiente universitário, bem como novas áreas de pesquisa (sociologia, psicologia, história da arte, música e ciências). Atualmente, a faculdade continua a desenvolver as disciplinas tradicionais, mas o desenvolvimento de novas disciplinas também é incentivado.
A Faculdade de Pedagogia iniciou suas atividades no outono de 1946, como a quinta faculdade da Universidade Masaryk.
A principal missão da faculdade hoje, assim como no passado, é formar professores para creches, escolas de ensino fundamental e, em algumas áreas, para o ensino médio. Além disso, a faculdade oferece pesquisa na área de educação especial e pedagogia social.
A Faculdade de Economia e Administração foi fundada em 1990 e iniciou suas atividades em setembro de 1991. Ao longo de sua trajetória, tornou-se uma instituição sólida e, atualmente, oferece formação em economia a quase quatro mil alunos de graduação, pós-graduação e doutorado. A principal missão da Faculdade de Economia e Administração é o desenvolvimento do ensino e da pesquisa nas ciências econômicas. A faculdade participa de projetos de pesquisa em parceria com o Fundo Nacional de Educação, o Fundo de Bolsas para Todos, o Instituto de Economia e o Instituto de Teoria da Informação e Automação da Academia de Ciências da República Tcheca.
A Faculdade de Informática foi fundada em 1994 como a primeira faculdade desse tipo na República Tcheca e, em muitos aspectos, antecipou o surgimento de faculdades semelhantes em outras universidades. A faculdade oferece um sistema de estudos o mais aberto possível, o que permite que os alunos escolham e se concentrem em seus interesses individuais. Em 2005, a universidade foi classificada em primeiro lugar entre os países da Europa Central e Oriental, tendo sido distinguida entre as seis melhores universidades. De modo geral, as ambições da faculdade visam proporcionar um ensino de alta qualidade para a sociedade da informação do terceiro milênio.
A Faculdade de Ciências Sociais foi fundada em 1998 como uma faculdade independente da Universidade Masaryk. A Faculdade de Ciências Sociais é o resultado de muitos anos de existência de certas disciplinas na Faculdade de Letras, onde a Faculdade de Sociologia já havia sido criada em 1921 – hoje, ela é uma das instituições mais antigas desse tipo na Europa.
A missão da faculdade é promover os valores de um estilo de vida saudável como parte essencial do modo de vida moderno. A faculdade aplica e desenvolve o conhecimento sobre medicina esportiva necessário no campo da educação física, transmite aos alunos os conhecimentos mais recentes nas áreas de nutrição e recuperação no esporte e na vida cotidiana, e forma especialistas qualificados para atividades educacionais nas áreas social e recreativa.