Üniversite 1919 yılında kurulmuştur. Eğitim, çok çeşitli geleneksel ve yeni uzmanlık alanlarında verilmektedir. Masaryk Üniversitesi, Avrupa'nın en hızlı büyüyen üniversitelerinden biri olarak kabul edilmekte ve dünyanın en iyi üniversiteleri listesinde yer almaktadır.
Üniversitede 40.844 öğrenci öğrenim görmektedir; bunların 7.021'i yabancıdır. Üniversitede aynı anda iki veya daha fazla uzmanlık alanında eğitim alabilirsiniz.
Üniversitenin Hukuk Fakültesi, Çek Cumhuriyeti'ndeki dört devlet hukuk fakültesinden biridir. Tarihi, Birinci Dünya Savaşı'nın hemen sonrasında başlar. Fakülte, mutlu ve verimli bir bilimsel ve pedagojik faaliyet dönemi geçirmiştir. Tarihçesi inişler ve çıkışlarla doludur; fakültenin on yıllarca kapalı kaldığı dönemler de olmuştur.
Masaryk Üniversitesi Doğa Bilimleri Fakültesi, matematik bilimleri, fizik, kimya, biyoloji ve yer bilimleri alanlarında eğitim sunmaktadır. Fakülte, eğitim, profesyonel araştırmacı yetiştirme ve ortaöğretim öğretmenlerinin yetiştirilmesine odaklanan 153 lisans, yüksek lisans ve doktora programı için akredite edilmiştir. Geleneksel olarak, yüksek kaliteli eğitim, fakültenin öncelikli alanlarından biri olan yoğun bilimsel faaliyetlerin odak noktasıdır ve bu sayede fakülte, üniversite içinde sürekli olarak en üst seviyede kalmasını sağlamaktadır.
Felsefe Fakültesi, Masaryk Üniversitesi'nin dört ana fakültesinden biridir. Burada ilk dersler, 1921/1922 akademik yılında Brno'da 128 öğrenciyle verilmiştir. Kuruluşundan bu yana fakülte, ağırlıklı olarak geleneksel, beşeri bilimler odaklı disiplinleri (özellikle tarih, felsefe ve klasik filoloji; ayrıca Slav filolojisi, Cermen ve Roman filolojisi) geliştirmiş olmakla birlikte, o dönemde üniversite ortamını temsil eden yönelimleri ve yeni araştırma alanlarını (sosyoloji, psikoloji, sanat tarihi, müzik, bilim) da geliştirmiştir. Günümüzde fakülte, geleneksel disiplinleri geliştirmeye devam etmekle birlikte, yeni disiplinlerin geliştirilmesini de desteklemektedir.
Pedagoji Fakültesi, 1946 sonbaharında Masaryk Üniversitesi'nin beşinci fakültesi olarak faaliyetlerine başlamıştır.
Fakültenin bugün olduğu gibi geçmişte de temel görevi, anaokulları, ilkokullar ve bazı alanlarda ortaokullar için öğretmen yetiştirmektir. Ayrıca fakülte, özel eğitim ve sosyal pedagoji alanlarında araştırma imkânları sunmaktadır.
İktisat ve Yönetim Fakültesi 1990 yılında kurulmuş ve Eylül 1991'de faaliyete geçmiştir. Kuruluşundan bu yana istikrarlı bir kurum haline gelmiş olan fakülte, şu anda yaklaşık dört bin lisans, yüksek lisans ve doktora öğrencisine iktisat eğitimi vermektedir. İktisat ve Yönetim Fakültesi’nin temel görevi, iktisat bilimleri alanında eğitim ve araştırmayı geliştirmektir. Fakülte, Ulusal Eğitim Fonu, Herkes için Hibe Fonu ile Çek Cumhuriyeti Bilimler Akademisi’ne bağlı İktisat Enstitüsü ve Bilgi Teorisi ve Otomasyon Enstitüsü ile birlikte araştırma projelerine katılmaktadır.
Bilişim Fakültesi, 1994 yılında Çek Cumhuriyeti'nde bu türden kurulan ilk fakülte olarak kurulmuş ve birçok açıdan diğer üniversitelerde benzer fakültelerin ortaya çıkmasına öncülük etmiştir. Fakülte, öğrencilerin bireysel ilgi alanlarını seçip bunlara odaklanmalarına olanak tanıyan, olabildiğince açık bir eğitim sistemi sunmaktadır. 2005 yılında üniversite, Orta ve Doğu Avrupa ülkeleri arasında birinci sırada yer almış ve aşağıdaki altı üniversiteye ödül vermiştir. Genel olarak, fakültenin hedefleri, üçüncü milenyumun bilgi toplumu için yüksek kaliteli bir eğitim sağlamaktır.
Sosyal Bilimler Fakültesi, 1998 yılında Masaryk Üniversitesi'nin bağımsız bir fakültesi olarak kurulmuştur. Sosyal Bilimler Fakültesi, 1921 yılında Sosyoloji Bölümü'nün kurulduğu Sanat Fakültesi'nde belirli disiplinlerin uzun yıllar boyunca varlığını sürdürmesinin bir sonucu olarak ortaya çıkmıştır; bugün Avrupa'daki bu tür kurumlar arasında en eskilerinden biridir.
Fakültenin misyonu, modern yaşam tarzının vazgeçilmez bir parçası olarak sağlıklı yaşamın özelliklerini teşvik etmektir. Fakülte, spor eğitimi alanında gerekli olan spor hekimliği bilgilerini uygular ve geliştirir; spor ve günlük yaşamda beslenme ve yenilenme alanlarındaki en güncel bilgileri öğrencilere aktarır; ayrıca sosyal ve rekreasyon alanlarındaki eğitim faaliyetleri için nitelikli uzmanlar yetiştirir.